Der Nachlassbestand Ernst Haeckels - einer der zentralen Figuren des Darwinismus - ist nicht nur in dem engeren Rahmen einer Biologiegeschichte interessant, auch seinerzeitige weltanschauliche Wirkung über sein philosophisches Werk und den deutschen Monistenbund, aber auch im Bereich der Ästhetik ist kaum zu überschätzen (Evolutionsbiologie, Biologismus, Sozialdarwinismus, Naturästhetik, Monismus, Naturalismus etc.). Der Briefbestand aus dem Nachlass Ernst Haeckels wurde nach den modernsten Bearbeitungsstandards der DFG für den Einsatz von Datenverarbeitung für die Katalogisierung von Handschriften und Nachlässen erschlossen.
» Haeckel-Korrespondenz. Eine Ausstellung zum Briefbestand des Ernst-Haeckel-Archivs
» Ernst Haeckel - Wilhelm Bölsche Briefwechsel 1887-1919; hrsg. von Rosemarie Nöthlich
Sammlungs- und Archivbestände:
Briefe (im wesentlichen Haeckel-Korrespondenz), Manuskripte und Ehrungen, Sachgegenstände, Herbarien (Teile des Schülerherbariums Haeckels), Aquarelle, Ölgemälde und Zeichnungen, Fotografien, Zeitungsausschnitte (Sammlung zeitgenössischer Pressestimmen zu Person und Werk Haeckels), sowie Teile der Nachlässe der Jenaer Biologen:
Victor Franz
Ludwig Plate
Julius Schaxel
Heinrich Schmidt
Georg Schneider
Nachlass des Jenaer Neurologen und Psychiaters Hans Berger.